Si por alguna descabellada razón tienes una instalación solamente con las librerías “Release” y deseas agregar las librerías “Debug“, y estás usando shadow build, el proceso es tan simple como hacer algo así como:

[code]
nmake confclean
configure -debug -opensource -confirm-license -platform win32-msvc2013 -opengl desktop -prefix C:\qt-5.6.2-build
[/code]

Pero

Las nuevas librerías, por ejemplo, qtmaind.lib se van a quedar en qt-5.6.2/lib cuando deberían ir a qt-5.6.2-build/lib

La documentación dice que falta hacer nmake install pero esto no funciona. Hay que copiar las librerias manualmente. No se si esto fue corregido en las versiones posteriores o es una peculiaridad de mi instalación. Pero ahí queda el reporte para las futuras generaciones.